Datasett: Sycon transkriptomdata - Regulatorisk RNA i evolusjonen av flercellethet, 2013

Sammendrag

"Sycon transkriptomdata, 2013" er en del av prosjektet "Regulatorisk RNA i evolusjonen av flercellethet".  
En av de viktigste hendelsene i livets historie er evolusjonen av flercellede organismer fra encellede eukaryoter. Men fortsatt er det svært mye vi ikke vet om hvilke genetiske mekanismer som muliggjorde dette gigantiske evolusjonære spranget. I motsetning til tidligere arbeider som har fokusert på endringer i de proteinkodende genene i forbindelse med dette spranget så ønsker vi i dette prosjektet å fokusere på endringer i de genregulerende RNAene (ikke-kodende RNA). Ikke-kodende RNA har fått stor oppmerksomhet de seneste årene. Disse fungerer ved å regulere uttrykket av proteinkodende gener, og man har sett at de har en svært viktig rolle i prosesser som embryoutvikling og celledifferensiering hos dyr. Noen få slike ikke-kodende RNAer har blitt oppdaget blant de encellede forfedrene til dyr og sopp, men fordi man bare har undersøkt et fåtall slike arter er det fortsatt mye vi ikke vet om viktigheten av slike ikke-kodende RNAer i utviklingen av flercellede dyr og sopp. I dette prosjektet ønsker vi derfor å studere rollen til genregulerende RNA i den evolusjonære utviklingen av dyr og sopp fra deres encellede forfedre.  

Dataene er brukt som grunnlag i publiserte arbeider. Dataene i prosjektet er genuttrykksdata som er tilgjengelig gjennom databaser.

Variabelgrupper

Full tittel

Sycon transkriptomdata - Regulatorisk RNA i evolusjonen av flercellethet, 2013

Identifikasjonsnummer

NSD2272

Ansvarlig forfatter

Navn Tilknytning
Bråte, Jon Institutt for biovitenskap, Universitetet i Oslo

Produsent

Navn Tilknytning Forkortelse Rolle
Bråte, Jon Institutt for biovitenskap, Universitetet i Oslo IBV, UiO Prosjektleder

Opphavsrett

Copyright (C) 2013 Jon Bråte, Institutt for biovitenskap, UiO

Sponsor/finansierende institusjon

Navn Forkortelse Rolle Bevilgning
Norges forskningsråd NFR 213707

Datadistributør

Navn Tilknytning Forkortelse
NSD - Norsk senter for forskningsdata AS NSD

Versjon

Dato: 2015-12-12

Notater

Originaldata fra Jon Bråte, Institutt for biovitenskap, UiO er dokumentert og tilrettelagt, første NSD-versjon.

Bibliografisk henvisning

"Sycon transkriptomdata - Regulatorisk RNA i evolusjonen av flercellethet, 2013". Data samlet av Jon Bråte, Institutt for biovitenskap, UiO. Første NSD-utgave, Bergen 2015.

Liste av nøkkelord

Emneklassifisering

Tidsperiode dekket

Start Slutt Syklus
2012-08-01 2015-07-31

Innsamlingsdato

Start Slutt Syklus
2012-08-01 2015-07-31

Land

Norge  (NO)

Analyseenhet

Annet

Univers

Genuttrykksdata fra kalksvampen Sycon ciliatum.

Datatype

Annet

Tidsmetode

Tverrsnittstudie

Datainnsamler

Utvalgsprosedyre

Svampene er samlet inn ved kysten utenfor Bergen og dataene er generert i samarbeid med Maja Adamska ved Sars Centre i Bergen.

Type datainnsamling

Annet

Sted

Tilgangsstatus

Data er fritt tilgjengelig for nedlasting.

Begrensninger

Data er fritt tilgjengelig for nedlasting.

Relaterte publikasjoner

Developmental Gene Expression Provides Clues to Relationships Between Sponge and Eumetazoan Body Plans

Leininger, S., Adamski, M., Bergum, B., Guder, C., Liu, J., Laplante, M., Bråte, J., Hoffmann, F., Fortunato, S., Jordal, S., Rapp, H.T., Adamska, M. (2014) Developmental Gene Expression Provides Clues to Relationships Between Sponge and Eumetazoan Body Plans i Nature Communications 5, 3905.

Dataene er tilgjengelig via The European Bioinformatics Institute (Part of the European Molecular Biology Laboratory) under kodene: E-MTAB-2430 og E-MTAB-2431.

Regulatory RNA at the Root of Animals: Dynamic Expression of Developmental LincRNAs in the Calcisponge Sycon Ciliatum

Bråte J, Adamski M, Neumann RS, Shalchian-Tabrizi K, Adamska M. (2015). Regulatory RNA at the Root of Animals: Dynamic Expression of Developmental LincRNAs in the Calcisponge Sycon Ciliatum. Proc. R. Soc. B. 20151746.

Dataene er tilgjengelig via Dryad Digital Repository under koden: doi:10.5061/dryad.v83fj.

Metadata Index

Dette er metadata-indeksen for en Nesstar Server.

Nesstar er et verktøy for analyse, visualisering og nedlasting av datasett.
Bruk knappen "Utforsk datasett" for å åpne datasettet.