Datasett: Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015

Sammendrag

I den eukaryote cellekjernen blir genomet organisert i kromatindomener med forskjellige fysiske, biokjemiske og funksjonelle egenskaper som påvirker genekspresjon og utviklingsmessige beslutninger. Disse domenene kan skilles fra hverandre ved å se på deres anriking i kombinasjoner av post-translasjonelle modifiserte histoner og varianter av kanoniske histoner. Mens distribusjon og betydningen av epigenetiske histonmodifikasjoner har blitt omfattende undersøkt siden oppdagelsen for noen år siden av histonkode 10, vet man lite om betydningen av histonvarianter. Likevel, viser en nylig oppgang i publikasjoner en sterk interesse for å belyse rollen til disse variantene. Blant disse, inkorporeres H3 variant H3.3 primært (men ikke utelukkende) til transkripsjon-aktiv kromatin på en reproduksjonsuavhengig måte. Måten H3.3 innsettes i kromatin, dets posisjonering i genomet og dets krav om vertebrat utvikling er fremdeles vanskelig å definere. Vi har nylig rapportert det epigenetiske miljøet til H3.3 i menneskelige promotorer og hentet ut foreløpig data om dets deponeringsbane. Her kombinerer vi ekspertise i mesenchymal stamcellebiologi, avbildning, epigenetikk og celledifferensiering sammen med avansert høy gjennomstrømming sekvensering og massespektrometriteknologi for å ta fatt på den biologiske meningen med insettingen av H3.3 i genomet i en celledifferensiering-kontekst. Vårt mål er å beskrive i detalj de molekylære mekanismene i inkorporeringen av H3.3 i kromatin og å få et hint om dets funksjon i celledifferensieringen. Objektiv 1 forsøker å sørge for full genomdekning av H3.3 sine anrikingsteder i menneskelige primære stamceller og differensierte celler. Objektiv 2 forsøker å belyse de mekaniske detaljene av H3.3 insettelsen i kromatin ved å beskrive H3.3 sine transittsteder som vi nylig har dokumentert. Dette prosjektet er en del av FRIMEDBIO-programmet.  

Ønskes tilgang til selve datasettet kan dette bestilles via NSDs bestillingsskjema:  

http://www.nsd.uib.no/bestilledata/survey/

Variabelgrupper

Full tittel

Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015

Identifikasjonsnummer

NSD2277

Ansvarlig forfatter

Navn Tilknytning
Collas, Philippe Institutt for geofag, Universitetet i Oslo

Produsent

Navn Tilknytning Forkortelse Rolle
Collas, Philippe Institutt for geofag, Universitetet i Oslo UiO Prosjektleder

Opphavsrett

Copyright (C) 2015 Philippe Collas, Institutt for geofag, UiO

Sponsor/finansierende institusjon

Navn Forkortelse Rolle Bevilgning
Norges forskningsråd NFR 213795

Datadistributør

Navn Tilknytning Forkortelse
NSD - Norsk senter for forskningsdata AS NSD

Versjon

Dato: 2016-01-18

Notater

Originaldata fra Philippe Collas, Institutt for geofag, Universitetet i Oslo er dokumentert og tilrettelagt, første NSD-versjon.

Bibliografisk henvisning

"Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015". Data samlet av Philippe Collas, Institutt for geofag, Universitetet i Oslo. Første NSD-utgave, Bergen 2016.

Liste av nøkkelord

Emneklassifisering

Tidsperiode dekket

Start Slutt Syklus
2012-07-01 2015-08-31

Innsamlingsdato

Start Slutt Syklus
2012-09-01 2015-08-01

Land

Norge  (NO)

Geografisk omfang

Land

Analyseenhet

Annet

Datatype

Annet

Tidsmetode

Tverrsnittstudie

Datainnsamler

Collas, Philippe, Insititutt for geofag, Universitetet i Oslo  (UiO)

Utvalgsprosedyre

Utvalg brutto: -1
Utvalg netto: 4

Type datainnsamling

Annet

Sted

Tilgangsstatus

NSD kan i samråd med prosjektleder stille data fra "Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015" til disposisjon ved bestilling til 21.12.2018. Etter denne datoen kan NSD stille data fra "Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015" til disposisjon for forskningsformål (inkludert phd og masteroppgaver) ved bestilling.

Omfang av innsamling

25 datafil(er); ulike format kan leveres.

Begrensninger

NSD kan i samråd med prosjektleder stille data fra "Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015" til disposisjon ved bestilling til 21.12.2018. Etter denne datoen kan NSD stille data fra "Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015" til disposisjon for forskningsformål (inkludert phd og masteroppgaver) ved bestilling.

Sitatkrav

Bruker plikter å referere til produsent og distributør av dataene ved å skrive følgende i forord eller fotnote i eventuelle publikasjoner:
"(En del av) De data som er benyttet her er hentet fra "Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015". Data er innsamlet av Philippe Collas, Institutt for geofag, Universitetet i Oslo. Undersøkelsen er finansiert av Norges forskningsråd. Data er tilrettelagt og stilt til disposisjon i anonymisert form av NSD - Norsk senter for forskningsdata AS. Verken Philippe Collas, Institutt for geofag, Universitetet i Oslo, Norges forskningsråd eller NSD er ansvarlig for analysen av dataene eller de tolkninger som er gjort her."

Utleggskrav

For å sikre best mulig informasjon om bruken av data fra de forskjellige undersøkelsene, blir tilgang til data gitt under forutsetning av at NSD får tilsendt en PDF-fil av eventuelle rapporter som utarbeides på grunnlag av dataene.

Betingelser

Bestillingsskjema skal inneholde navn, institusjonstilknytning, prosjekttittel, opplysninger om finansieringskilder og postadresse. Før ev utlevering av data må taushetserklæring undertegnes.

Disclaimer

Verken Philippe Collas, Institutt for geofag, Universitetet i Oslo, Norges forskningsråd eller NSD er ansvarlig for analysen av dataene eller de tolkninger som er gjort her.

Metadata Index

Dette er metadata-indeksen for en Nesstar Server.

Nesstar er et verktøy for analyse, visualisering og nedlasting av datasett.
Bruk knappen "Utforsk datasett" for å åpne datasettet.