Dataset: Sycon transkriptomdata - Regulatorisk RNA i evolusjonen av flercellethet, 2013

Abstract

"Sycon transkriptomdata, 2013" er en del av prosjektet "Regulatorisk RNA i evolusjonen av flercellethet".  
En av de viktigste hendelsene i livets historie er evolusjonen av flercellede organismer fra encellede eukaryoter. Men fortsatt er det svært mye vi ikke vet om hvilke genetiske mekanismer som muliggjorde dette gigantiske evolusjonære spranget. I motsetning til tidligere arbeider som har fokusert på endringer i de proteinkodende genene i forbindelse med dette spranget så ønsker vi i dette prosjektet å fokusere på endringer i de genregulerende RNAene (ikke-kodende RNA). Ikke-kodende RNA har fått stor oppmerksomhet de seneste årene. Disse fungerer ved å regulere uttrykket av proteinkodende gener, og man har sett at de har en svært viktig rolle i prosesser som embryoutvikling og celledifferensiering hos dyr. Noen få slike ikke-kodende RNAer har blitt oppdaget blant de encellede forfedrene til dyr og sopp, men fordi man bare har undersøkt et fåtall slike arter er det fortsatt mye vi ikke vet om viktigheten av slike ikke-kodende RNAer i utviklingen av flercellede dyr og sopp. I dette prosjektet ønsker vi derfor å studere rollen til genregulerende RNA i den evolusjonære utviklingen av dyr og sopp fra deres encellede forfedre.  

Dataene er brukt som grunnlag i publiserte arbeider. Dataene i prosjektet er genuttrykksdata som er tilgjengelig gjennom databaser.

Variable Groups

Full Title

Sycon transkriptomdata - Regulatorisk RNA i evolusjonen av flercellethet, 2013

Identification Number

NSD2272

Authoring Entity

Name Affiliation
Bråte, Jon Institutt for biovitenskap, Universitetet i Oslo

Producer

Name Affiliation Abbreviation Role
Bråte, Jon Institutt for biovitenskap, Universitetet i Oslo IBV, UiO Prosjektleder

Copyright

Copyright (C) 2013 Jon Bråte, Institutt for biovitenskap, UiO

Funding Agency/Sponsor

Name Abbreviation Role Grant
Norges forskningsråd NFR 213707

Data Distributor

Name Affiliation Abbreviation
NSD - Norsk senter for forskningsdata AS NSD

Version

Date: 2015-12-12

Notes

Originaldata fra Jon Bråte, Institutt for biovitenskap, UiO er dokumentert og tilrettelagt, første NSD-versjon.

Bibliographic Citation

"Sycon transkriptomdata - Regulatorisk RNA i evolusjonen av flercellethet, 2013". Data samlet av Jon Bråte, Institutt for biovitenskap, UiO. Første NSD-utgave, Bergen 2015.

List of Keywords

Topic Classification

Time Period Covered

Start End Cycle
2012-08-01 2015-07-31

Date of Collection

Start End Cycle
2012-08-01 2015-07-31

Country

Norge  (NO)

Unit of Analysis

Annet

Universe

Genuttrykksdata fra kalksvampen Sycon ciliatum.

Kind of Data

Annet

Time Method

Tverrsnittstudie

Data Collector

Sampling Procedure

Svampene er samlet inn ved kysten utenfor Bergen og dataene er generert i samarbeid med Maja Adamska ved Sars Centre i Bergen.

Mode of Data Collection

Annet

Location

Availability Status

Data er fritt tilgjengelig for nedlasting.

Restrictions

Data er fritt tilgjengelig for nedlasting.

Related Publications

Developmental Gene Expression Provides Clues to Relationships Between Sponge and Eumetazoan Body Plans

Leininger, S., Adamski, M., Bergum, B., Guder, C., Liu, J., Laplante, M., Bråte, J., Hoffmann, F., Fortunato, S., Jordal, S., Rapp, H.T., Adamska, M. (2014) Developmental Gene Expression Provides Clues to Relationships Between Sponge and Eumetazoan Body Plans i Nature Communications 5, 3905.

Dataene er tilgjengelig via The European Bioinformatics Institute (Part of the European Molecular Biology Laboratory) under kodene: E-MTAB-2430 og E-MTAB-2431.

Regulatory RNA at the Root of Animals: Dynamic Expression of Developmental LincRNAs in the Calcisponge Sycon Ciliatum

Bråte J, Adamski M, Neumann RS, Shalchian-Tabrizi K, Adamska M. (2015). Regulatory RNA at the Root of Animals: Dynamic Expression of Developmental LincRNAs in the Calcisponge Sycon Ciliatum. Proc. R. Soc. B. 20151746.

Dataene er tilgjengelig via Dryad Digital Repository under koden: doi:10.5061/dryad.v83fj.

Metadata Index

This is the Metadata Index for a Nesstar Server.
Nesstar is a tool used for analysing, visualising and downloading datasets.

Click the "Explore Dataset" button to open the dataset.