Dataset: Rollen av fosfataser i mitose reguleringen, 2016

Abstract

I "Rollen av fosfataser i mitose reguleringen, 2016" undersøkte vi reguleringen av celledeling. Sterk kontroll av denne prosessen er viktig, og mangel på dette kan føre til kreft. I mange år har fokuset vært på en gruppe proteiner kjent som syklin-avhengige kinaser, som fungerer som en motor som driver celledelingen. Disse kinasene er i stand til å modifisere andre proteiner for å endre deres funksjon eller aktivitet. Imidlertid kan en annen type proteiner kjent som proteinfosfataser reversere virkningen av disse kinasene, og kan derfor også spille en viktig rolle i kontrolleringen av celledeling. Vi sentrerte studiene våre på én av dem: PP2A. Vi fant ut at den er en sentral komponent i reguleringen av celledeling og differensiering, spesielt under forhold knyttet til næringsstress.  

Fem datasett er knyttet til dette prosjektet:

Tittel på datasett: PP2A-Pab1 interagerende proteiner. Proteomisk analyse av protein assosiert med PP2A-Pab1. Pab1 ble merket med en N-terminal tag som ble brukt til å trekke den ned fra spaltede gjær-ekstrakter. Tilknyttede proteiner ble analysert ved hjelp av tandem massespektrometri.

Tittel på datasett: Fosforproteomisk analyse av gjærekstrakter i celler utarmet for PP2A-Pab1. Fosforproteomisk analyse av proteiner hvor fosforylering endres ved utarming av PP2A-Pab1.

Tittel på datasett: Analyse av RNA-ekspresjonsendringer i en pab1-deletjonsmutant som respons på nitrogenmangel. Excel-fil som sammenligner RNA-sekvenseringsdata. Sammenligning av RNA-ekspresjon i en pab1-slettet stamme før og etter nitrogenmangel-behandling (i 4 timer).

Tittel på datasett: Par-telling av forskjellige gjærmutanter. Excel-fil som inneholder partelling som et middel for å bestemme celledifferensiering. Ulike homotalliske gjærstammer som inneholder forskjellige mutasjoner ble analysert med hensyn til deres evne til å gjennomgå seksuell differensiering.

Tittel på datasett: Sanntids- PCR-analyse av mei2-uttrykk i flere mutantstammer. Excel-fil som inneholder sanntids-PCR-data for mei2-uttrykk normalisert til aktinuttrykk. Ulike gjærstammer ble dyrket ved permissiv eller restriktiv temperatur og nivåene av mei2-ekspresjon ble analysert ved hjelp av RT-PCR.


Ønskes tilgang til selve datasettet kan dette bestilles via NSDs bestillingsskjema:  

http://www.nsd.uib.no/bestilledata/survey/

Variable Groups

Full Title

Rollen av fosfataser i mitose reguleringen, 2016

Identification Number

NSD2412

Authoring Entity

Name Affiliation
Lopez-Aviles, Sandra NCMM - Norsk senter for molekylærmedisin, Universitetet i Oslo

Producer

Name Affiliation Abbreviation Role
Lopez-Aviles, Sandra NCMM - Norsk senter for molekylærmedisin, Universitetet i Oslo UiO Prosjektleder

Copyright

Copyright (C) 2016 Sandra Lopez-Aviles, UiO

Funding Agency/Sponsor

Name Abbreviation Role Grant
Norges forskningsråd NFR 214049
Universitetet i Oslo

Data Distributor

Name Affiliation Abbreviation
NSD – Norsk senter for forskningsdata AS NSD

Version

Date: 2017-06-02

Notes

Originaldata fra Sandra Lopez-Aviles, UiO er dokumentert og tilrettelagt, første NSD-versjon.

Bibliographic Citation

"Rollen av fosfataser i mitose reguleringen, 2016". Data samlet av Sandra Lopez-Aviles, UiO. Første NSD-utgave, Bergen 2017.

List of Keywords

Topic Classification

Time Period Covered

Start End Cycle
2012 2015

Date of Collection

Start End Cycle
2014-07-01 2014-12-12
2015-01-02 2015-05-21
2015-01-02 2015-07-08
2014-01-02 2016-05-01
2015-11-13 2016-05-25

Country

Norge  (NO)

Unit of Analysis

Annet

Universe

Proteomisk analyse av protein assosiert med PP2A-Pab1, fosfoproteomanalyse, analyse av RNA-ekspresjonsendringer i en pab1-deletjonsmutant som respons på nitrogenmangel, partelling av forskjellige gjærmutanter og Excel-filer som inneholder sanntids-PCR-data av mei2-uttrykk normalisert til aktinuttrykk.

Kind of Data

Annet

Time Method

Tverrsnittstudie

Data Collector

Lopez-Aviles, Sandra, NCMM - Norsk senter for molekylærmedisin, Universitetet i Oslo  (UiO)

Sampling Procedure

Tittel på datasett: PP2A-Pab1 interagerende proteiner. Proteomisk analyse av protein assosiert med PP2A-Pab1. Pab1 ble merket med en N-terminal tag som ble brukt til å trekke den ned fra spaltede gjær-ekstrakter. Tilknyttede proteiner ble analysert ved hjelp av tandem massespektrometri. Tandemaffinitetsrensing etterfulgt av proteinfordøyning og MS-MS-analyse. Prøve skaffet fra gjærkultur-stammer som uttrykker TAP-Pab1. Kulturstørrelse: 2 liter med en optisk tetthet på 0,5.

Tittel på datasett: Fosforproteomisk analyse av gjærekstrakter i celler utarmet for PP2A-Pab1. Vi skapte en stamme hvor PP2A-Pab1-aktivitet kunne hemmes ved tilsetning av tiamin og auxin. Kulturer i denne stammen ble enten behandlet med eller fikk en forfalsket behandling med auxin og tiamin, og endringer i fosforyleringsprofilen ble analysert ved fosforetid-berikelse etterfulgt av massespektrometrianalyse. Prøve skaffet fra gjærkulturer fra en stamme som uttrykker nmt41-miniAID pab1. Kulturstørrelse: 100 ml med en optisk tetthet på 0,5.

Tittel på datasett: Analyse av RNA-ekspresjonsendringer i en pab1-deletjonsmutant som respons på nitrogenmangel. En pab1-slettet stamme ble utsatt for nitrogen-mangel eller dyrket i nitrogenrikt medium i 4 timer. Prøver ble samlet og RNA ekstrahert. Etter bibliotekskonstruksjon ble prøvene analysert ved bruk av RNA-sekvensering (NextSeq 500 75 bp SR H.O.). Prøve skaffet fra gjærkulturer fra en pab1-slettet stamme. Kulturstørrelse: 20 ml med en optisk tetthet på 0,4.

Tittel på datasett: Partelling av forskjellige gjærmutanter. Gjærkulturer som inneholdt 0,5x10 ^ 6 celler/ml ble utsatt for nitrogenmangel og deres evne til å gjennomgå seksuell differensiering ble evaluert basert på telling av tetrader og zygoter i kulturen. Ulike gjærmutantstammer. Kulturstørrelse: 5 ml.

Tittel på datasett: Sanntids-PCR-analyse av mei2-uttrykk i flere mutantstammer. Ulike gjærstammer ble dyrket ved permissiv eller restriktiv temperatur. Prøver på 20 ml ble samlet og RNA ekstrahert. Etter cDNA-amplifikasjon ble mei2-ekspresjon bestemt ved bruk av sanntids-PCR. Kulturer av O.D 0,3 på 20 ml.

Mode of Data Collection

Annet

Location

Availability Status

NSD kan stille data fra "Rollen av fosfataser i mitose reguleringen, 2016" til disposisjon for forskning, undervisning og studenter ved bestilling.

Extent of Collection

20 datafiler; ulike format kan leveres.

Restrictions

NSD kan stille data fra "Rollen av fosfataser i mitose reguleringen, 2016" til disposisjon for forskning, undervisning og studenter ved bestilling.

Citation Requirement

Bruker plikter å referere til produsent og distributør av dataene ved å skrive følgende i forord eller fotnote i eventuelle publikasjoner:
"(En del av) De data som er benyttet her er hentet fra "Rollen av fosfataser i mitose reguleringen, 2016". Data er innsamlet av  Sandra Lopez-Aviles, UiO. Undersøkelsen er finansiert av Norges forskningsråd. Data er tilrettelagt og stilt til disposisjon i anonymisert form av NSD – Norsk senter for forskningsdata AS. Verken Sandra Lopez-Aviles, UiO, Norges forskningsråd eller NSD er ansvarlig for analysen av dataene eller de tolkninger som er gjort her."

Deposit Requirement

For å sikre best mulig informasjon om bruken av data fra de forskjellige undersøkelsene, blir tilgang til data gitt under forutsetning av at NSD får tilsendt en PDF-fil av eventuelle rapporter som utarbeides på grunnlag av dataene.

Conditions

Bestillingsskjema skal inneholde navn, institusjonstilknytning, prosjekttittel, opplysninger om finansieringskilder og postadresse. Før ev utlevering av data må taushetserklæring undertegnes.

Disclaimer

Verken Sandra Lopez-Aviles, UiO, Norges forskningsråd eller NSD er ansvarlig for analysen av dataene eller de tolkninger som er gjort her.

Related Publications

A PP2A-B55-Mediated Crosstalk between TORC1 and TORC2 Regulates the Differentiation Response in Fission Yeast

Martin, R., Portantier, M. et al. (2017)  A PP2A-B55-Mediated Crosstalk between TORC1 and TORC2 Regulates the Differentiation Response in Fission Yeast, i: Current Biology, 27: s. 175-188.

Metadata Index

This is the Metadata Index for a Nesstar Server.
Nesstar is a tool used for analysing, visualising and downloading datasets.

Click the "Explore Dataset" button to open the dataset.