Dataset: Rekonstruksjon av tidligere økosystemer gjennom barcoding DNA bevart i permafrost, 2014

Abstract

Nylige fremskritt innen ultra-high-throughput DNA-sekvenseringsteknologi og artsidentifikasjon har åpnet opp en ny forskningsarena for paleoøkologiske rekonstruksjoner ved hjelp av barcoding-identifiseringsverktøy basert på eldgammelt DNA som har blitt bevart i permafrost. Dette prosjektet utviklet nye DNA barcoding-markører som var korte nok til å gi en mer presis fremstilling av forvitret DNA for flere organismegrupper (moser, sopp, insekter, spretthaler, vertebrater). Disse markørene ble sekvensert i moderne DNA for å konstruere taksonomiske referansedatabaser for viktige økologiske arter, og deretter ble de brukt til artsbestemmelse ved å pyrosekvensere DNA-miljøer fra foreldete permafrostkjerner (som ble gjort tilgjengelige gjennom EU-prosjektet ECOCHANGE).
Prosjektgruppen bestod av to postdoktorer finansiert av forskningsrådet og en PhD-student finansiert av Naturhistorisk museum ved Universitetet i Oslo, samt ledende nasjonale og internasjonale eksperter på gammelt DNA, DNA barcoding, bioinformatikk og diverse taksonomiske grupper. Forskningsgruppen var nært knyttet til den internasjonale ECOCHANGE-gruppen for å sikre umiddelbar tilgang på den nyeste utviklingen innen pyrosekvensering og bioinformatikk.  

Ønskes tilgang til selve datasettet kan dette bestilles via NSDs bestillingsskjema:  

http://www.nsd.uib.no/bestilledata/survey/

Variable Groups

Full Title

Rekonstruksjon av tidligere økosystemer gjennom barcoding DNA bevart i permafrost, 2014

Identification Number

NSD2260

Authoring Entity

Name Affiliation
Brochmann, Christian Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo

Producer

Name Affiliation Abbreviation Role
Brochmann, Christian Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo UiO Prosjektleder

Copyright

Copyright (C) 2014 Christian Brochman, Naturhistorisk museum, UiO

Funding Agency/Sponsor

Name Abbreviation Role Grant
Norges forskningsråd NFR 191627

Data Distributor

Name Affiliation Abbreviation
Norsk samfunnsvitenskapelig datatjeneste AS NSD

Version

Date: 2015-12-03

Notes

Originaldata fra Christian Brochman, Naturhistorisk museum, UiO er dokumentert og tilrettelagt, første NSD-versjon.

Bibliographic Citation

"Rekonstruksjon av tidligere økosystemer gjennom barcoding DNA bevart i permafrost, 2014". Data samlet av Christian Brochman ,Naturhistorisk museum, UiO. Første NSD-utgave, Bergen 2015.

List of Keywords

Topic Classification

Time Period Covered

Start End Cycle
2009 2014

Date of Collection

Start End Cycle
2009 2014

Country

Norge  (NO)

Unit of Analysis

Annet

Universe

DNA-testet materiale funnet i permafrost

Kind of Data

Annet

Time Method

Tverrsnittstudie

Data Collector

Brochmann, Christian, Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo  (UiO)

Sampling Procedure

DNA-testet materiale funnet i permafrost

Mode of Data Collection

Annet

Location

Related Publications

Blocking Human Contaminant DNA During PCR Allows Amplification of Rare Mammal Species From Sedimentary Ancient DNA

Boessenkool, S. et al. (2012) Blocking human contaminant DNA during PCR allows amplification of rare mammal species from sedimentary ancient DNA. Molecular Ecology 21: 1806–1815.  

Data published in the DRYAD Digital Repository at doi:10.5061/dryad.t33v4k14.

Use of Ancient Sedimentary DNA as a Novel Conservation Tool for High-Altitude Tropical Biodiversity

Boessenkool, S. et al. (2014)Use of Ancient Sedimentary DNA as a Novel Conservation Tool for High-Altitude Tropical Biodiversity. Conservation Biology, 2014 Apr;28(2):446-55.  

DOI: 10.1111/cobi.12195.

New environmental metabarcodes for analysing soil DNA: potential forstudying past and present ecosystems

Epp, L. S. et al. (2012) New environmental metabarcodes for analysing soil DNA: potential for studying past and present ecosystems. Molecular Ecology 21: 1821–1833.  

Data published in the DRYAD Digital Repository at doi:10.5061/dryad.37s6bb42.

A Comparative Study of Ancient Sedimentary DNA, Pollen and Macrofossils From Permafrost Sediments of Northern Siberia Reveals Long-Term Vegetational Stability

Jørgensen, T. et al. (2012)A Comparative Study of Ancient Sedimentary DNA, Pollen and Macrofossils From Permafrost Sediments of Northern Siberia Reveals Long-Term Vegetational Stability. Molecular Ecology 21: 1989–2003.  

Data published in the DRYAD Digital Repository at doi:10.5061/dryad.09p3k.

Islands in the Ice: Detecting Past Vegetation on Greenlandic Nunataks Using Historical Records and Sedimentary Ancient DNA Meta-Barcoding

Jørgensen, T. et al. (2012) Islands in the Ice: Detecting Past Vegetation on Greenlandic Nunataks Using Historical Records and Sedimentary Ancient DNA Meta-Barcoding. Molecular Ecology 21: 1980–1988.  

Data published in the DRYAD Digital Repository at doi:10.5061/dryad.1dv51.

Glacial Survival of Boreal Trees in Northern Scandinavia

Parducci, L. et al. (2012) Glacial Survival of Boreal Trees in Northern Scandinavia. Science 335: 1083-1086.  

Data published: At the European Nucleotide Archive, study accession no. ERP001153 (trnL sequences). At the European Molecular Biology Laboratory database, accession no. HE652882-HE653002 (mtDNA sequences).

Shedding New Light on the Diet of Norwegian Lemmings: DNA Metabarcoding of Stomach Content

Soininen, E. M. et al. (2013) Shedding New Light on the Diet of Norwegian Lemmings: DNA Metabarcoding of Stomach Content. Polar Biology 36: 1069–1076. doi:10.1007/s00300-013-1328-2.

Data published: Database sequences submitted to the EMBL Database (accession numbers embl:HE993553-ebml:HE993683).

Fifty Thousand Years of Arctic Vegetation and Megafaunal Diet

Willerslev, E. et al. (2014) Fifty Thousand Years of Arctic Vegetation and Megafaunal Diet. Nature 506: 47-51 (article).  

Data published in the DRYAD Digital Repository at doi.org/10.5061/dryad.ph8s5.

DNA From Soil Mirrors Plant Taxonomic and Growth form Diversity

Yoccoz, N. G. et al. (2012) DNA From Soil Mirrors Plant Taxonomic and Growth form Diversity. Molecular Ecology 21 : 3647-3655 (with Perspective, Mol. Ecol. 21: 3637-3639).  

Data published in the DRYAD Digital Repository at doi:10.5061/dryad.m346b576. The sequence accession nos are given in Tables S1 and S2 available in this DRYAD entry.

Metadata Index

This is the Metadata Index for a Nesstar Server.
Nesstar is a tool used for analysing, visualising and downloading datasets.

Click the "Explore Dataset" button to open the dataset.