Dataset: Genomikktilpasning til miljøendringer i to ville fuglebestander, 2012

Abstract

Dette prosjektet har hatt som mål å utvikle en custom SNP array for genotype-phenotype mapping samt å forstå hvordan seleksjon påvirker genomet. DNA-prøver er fra blodprøver tatt fra gråspurv under feltarbeid. Data kommer fra fire ulike øyer på Helgelandskysten som er en del av en langtidsstudie på gråspurv. To andre NFR prosjekt har vært med på å generere disse data: "The Genetic Basis of Response to Selection in Natural Bird Populations - Insight from State-of-the-Art Genomics Analyses” (191847) og “The Effect of Population Size on Short-Term Rates of Evolution in Natural Populations” (221956).  

Ønskes tilgang til selve datasettet kan dette bestilles via NSDs bestillingsskjema:  

http://www.nsd.uib.no/bestilledata/survey/

Variable Groups

Full Title

Genomikktilpasning til miljøendringer i to ville fuglebestander, 2012

Identification Number

NSD2348

Authoring Entity

Name Affiliation
Husby, Arild Senter for biodiversitetsdynamikk, Institutt for biologi, NTNU
Jensen, Henrik Senter for biodiversitetsdynamikk, Institutt for biologi, NTNU

Producer

Name Affiliation Abbreviation Role
Husby, Arild Senter for biodiversitetsdynamikk, Institutt for biologi, NTNU CBD, NTNU Prosjektleder
Jensen, Henrik Senter for biodiversitetsdynamikk, Institutt for biologi, NTNU CBD, NTNU Prosjektleder

Copyright

Copyright (C) 2012 Arild Husby & Henrik Jensen, Senter for biodiversitetsdynamikk, Institutt for biologi, NTNU

Funding Agency/Sponsor

Name Abbreviation Role Grant
Norges forskningsråd NFR 191847
Norges forskningsråd NFR 191847
Norges forskningsråd NFR 191847

Data Distributor

Name Affiliation Abbreviation
NSD – Norsk senter for forskningsdata AS NSD

Version

Date: 2016-09-08

Notes

Originaldata fra Arild Husby & Henrik Jensen, Senter for biodiversitetsdynamikk, Institutt for biologi, NTNU er dokumentert og tilrettelagt, første NSD-versjon.

Bibliographic Citation

"Genomikktilpasning til miljøendringer i to ville fuglebestander, 2012". Data samlet av Arild Husby & Henrik Jensen, Senter for biodiversitetsdynamikk, Institutt for biologi, NTNU. Første NSD-utgave, Bergen 2016.

List of Keywords

Topic Classification

Time Period Covered

Start End Cycle
1998-01-01 2012-01-01

Date of Collection

Start End Cycle
1998-01-01 2012-01-01

Country

Norge  (NO)

Geographic Coverage

Fylke

Geographic Unit

Fire øyer på Helgelandskysten i Nord-Norge.

Unit of Analysis

Annet

Universe

Individuell 10k SNP genotype data på gråspurv.

Kind of Data

Annet

Time Method

Tverrsnittstudie

Data Collector

Sampling Procedure

Datamaterialet består av genotyper fra 1898 individ og 6318 SNP.

Mode of Data Collection

Annet

Location

Availability Status

NSD kan i samråd med prosjektleder stille data fra  "Genomikktilpasning til miljøendringer i to ville fuglebestander, 2012 til disposisjon ved bestilling til 01.01.2018. Etter 01.01.2018 blir data gjort tilgjengelig for forskning, undervisning og studenter ved bestilling.

Extent of Collection

To datafiler; ulike format kan leveres.

Restrictions

NSD kan i samråd med prosjektleder stille data fra  "Genomikktilpasning til miljøendringer i to ville fuglebestander, 2012 til disposisjon ved bestilling til 01.01.2018. Etter 01.01.2018 blir data gjort tilgjengelig for forskning, undervisning og studenter ved bestilling.

Citation Requirement

Bruker plikter å referere til produsent og distributør av dataene ved å skrive følgende i forord eller fotnote i eventuelle publikasjoner:
"(En del av) De data som er benyttet her er hentet fra "Genomikktilpasning til miljøendringer i to ville fuglebestander, 2012". Data er innsamlet av Arild Husby, Henrik Jensen, Senter for biodiversitetsdynamikk, Institutt for biologi, NTNU. Undersøkelsen er finansiert av Norges forskningsråd. Data er tilrettelagt og stilt til disposisjon i anonymisert form av NSD – Norsk senter for forskningsdata AS. Verken Arild Husby, Henrik Jensen, Senter for biodiversitetsdynamikk, Institutt for biologi, NTNU, Norges forskningsråd eller NSD er ansvarlig for analysen av dataene eller de tolkninger som er gjort her."

Deposit Requirement

For å sikre best mulig informasjon om bruken av data fra de forskjellige undersøkelsene, blir tilgang til data gitt under forutsetning av at NSD får tilsendt en PDF-fil av eventuelle rapporter som utarbeides på grunnlag av dataene.

Conditions

Bestillingsskjema skal inneholde navn, institusjonstilknytning, prosjekttittel, opplysninger om finansieringskilder og postadresse. Før ev utlevering av data må taushetserklæring undertegnes.

Disclaimer

Verken Arild Husby, Henrik Jensen, Senter for biodiversitetsdynamikk, Institutt for biologi, NTNU, Norges forskningsråd eller NSD er ansvarlig for analysen av dataene eller de tolkninger som er gjort her.

Related Publications

The Easy Road to Genome-Wide Medium Density SNP Screening in a Non-Model Species: Development and Application of a 10 K SNP-Chip for the House Sparrow (Passer Domesticus).

Hagen, I. J., Billing, A. M., Rønning, B., Pedersen, S. A., Pärn, H., Slate, J. og Jensen, H. (2013) The Easy Road to Genome-Wide Medium Density SNP Screening in a Non-Model Species: Development and Application of a 10 K SNP-Chip for the House Sparrow (Passer Domesticus). Molecular Ecology Resources 13: 429-439.  

Doi: 10.1111/1755-0998.12088

Metadata Index

This is the Metadata Index for a Nesstar Server.
Nesstar is a tool used for analysing, visualising and downloading datasets.

Click the "Explore Dataset" button to open the dataset.