Dataset: Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015

Abstract

I den eukaryote cellekjernen blir genomet organisert i kromatindomener med forskjellige fysiske, biokjemiske og funksjonelle egenskaper som påvirker genekspresjon og utviklingsmessige beslutninger. Disse domenene kan skilles fra hverandre ved å se på deres anriking i kombinasjoner av post-translasjonelle modifiserte histoner og varianter av kanoniske histoner. Mens distribusjon og betydningen av epigenetiske histonmodifikasjoner har blitt omfattende undersøkt siden oppdagelsen for noen år siden av histonkode 10, vet man lite om betydningen av histonvarianter. Likevel, viser en nylig oppgang i publikasjoner en sterk interesse for å belyse rollen til disse variantene. Blant disse, inkorporeres H3 variant H3.3 primært (men ikke utelukkende) til transkripsjon-aktiv kromatin på en reproduksjonsuavhengig måte. Måten H3.3 innsettes i kromatin, dets posisjonering i genomet og dets krav om vertebrat utvikling er fremdeles vanskelig å definere. Vi har nylig rapportert det epigenetiske miljøet til H3.3 i menneskelige promotorer og hentet ut foreløpig data om dets deponeringsbane. Her kombinerer vi ekspertise i mesenchymal stamcellebiologi, avbildning, epigenetikk og celledifferensiering sammen med avansert høy gjennomstrømming sekvensering og massespektrometriteknologi for å ta fatt på den biologiske meningen med insettingen av H3.3 i genomet i en celledifferensiering-kontekst. Vårt mål er å beskrive i detalj de molekylære mekanismene i inkorporeringen av H3.3 i kromatin og å få et hint om dets funksjon i celledifferensieringen. Objektiv 1 forsøker å sørge for full genomdekning av H3.3 sine anrikingsteder i menneskelige primære stamceller og differensierte celler. Objektiv 2 forsøker å belyse de mekaniske detaljene av H3.3 insettelsen i kromatin ved å beskrive H3.3 sine transittsteder som vi nylig har dokumentert. Dette prosjektet er en del av FRIMEDBIO-programmet.  

Ønskes tilgang til selve datasettet kan dette bestilles via NSDs bestillingsskjema:  

http://www.nsd.uib.no/bestilledata/survey/

Variable Groups

Full Title

Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015

Identification Number

NSD2277

Authoring Entity

Name Affiliation
Collas, Philippe Institutt for geofag, Universitetet i Oslo

Producer

Name Affiliation Abbreviation Role
Collas, Philippe Institutt for geofag, Universitetet i Oslo UiO Prosjektleder

Copyright

Copyright (C) 2015 Philippe Collas, Institutt for geofag, UiO

Funding Agency/Sponsor

Name Abbreviation Role Grant
Norges forskningsråd NFR 213795

Data Distributor

Name Affiliation Abbreviation
NSD - Norsk senter for forskningsdata AS NSD

Version

Date: 2016-01-18

Notes

Originaldata fra Philippe Collas, Institutt for geofag, Universitetet i Oslo er dokumentert og tilrettelagt, første NSD-versjon.

Bibliographic Citation

"Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015". Data samlet av Philippe Collas, Institutt for geofag, Universitetet i Oslo. Første NSD-utgave, Bergen 2016.

List of Keywords

Topic Classification

Time Period Covered

Start End Cycle
2012-07-01 2015-08-31

Date of Collection

Start End Cycle
2012-09-01 2015-08-01

Country

Norge  (NO)

Geographic Coverage

Land

Unit of Analysis

Annet

Kind of Data

Annet

Time Method

Tverrsnittstudie

Data Collector

Collas, Philippe, Insititutt for geofag, Universitetet i Oslo  (UiO)

Sampling Procedure

Utvalg brutto: -1
Utvalg netto: 4

Mode of Data Collection

Annet

Location

Availability Status

NSD kan i samråd med prosjektleder stille data fra "Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015" til disposisjon ved bestilling til 21.12.2018. Etter denne datoen kan NSD stille data fra "Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015" til disposisjon for forskningsformål (inkludert phd og masteroppgaver) ved bestilling.

Extent of Collection

25 datafil(er); ulike format kan leveres.

Restrictions

NSD kan i samråd med prosjektleder stille data fra "Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015" til disposisjon ved bestilling til 21.12.2018. Etter denne datoen kan NSD stille data fra "Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015" til disposisjon for forskningsformål (inkludert phd og masteroppgaver) ved bestilling.

Citation Requirement

Bruker plikter å referere til produsent og distributør av dataene ved å skrive følgende i forord eller fotnote i eventuelle publikasjoner:
"(En del av) De data som er benyttet her er hentet fra "Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015". Data er innsamlet av Philippe Collas, Institutt for geofag, Universitetet i Oslo. Undersøkelsen er finansiert av Norges forskningsråd. Data er tilrettelagt og stilt til disposisjon i anonymisert form av NSD - Norsk senter for forskningsdata AS. Verken Philippe Collas, Institutt for geofag, Universitetet i Oslo, Norges forskningsråd eller NSD er ansvarlig for analysen av dataene eller de tolkninger som er gjort her."

Deposit Requirement

For å sikre best mulig informasjon om bruken av data fra de forskjellige undersøkelsene, blir tilgang til data gitt under forutsetning av at NSD får tilsendt en PDF-fil av eventuelle rapporter som utarbeides på grunnlag av dataene.

Conditions

Bestillingsskjema skal inneholde navn, institusjonstilknytning, prosjekttittel, opplysninger om finansieringskilder og postadresse. Før ev utlevering av data må taushetserklæring undertegnes.

Disclaimer

Verken Philippe Collas, Institutt for geofag, Universitetet i Oslo, Norges forskningsråd eller NSD er ansvarlig for analysen av dataene eller de tolkninger som er gjort her.

Metadata Index

This is the Metadata Index for a Nesstar Server.
Nesstar is a tool used for analysing, visualising and downloading datasets.

Click the "Explore Dataset" button to open the dataset.