Set ddata: Rekonstruksjon av tidligere økosystemer gjennom barcoding DNA bevart i permafrost, 2014

Crynodeb

Nylige fremskritt innen ultra-high-throughput DNA-sekvenseringsteknologi og artsidentifikasjon har åpnet opp en ny forskningsarena for paleoøkologiske rekonstruksjoner ved hjelp av barcoding-identifiseringsverktøy basert på eldgammelt DNA som har blitt bevart i permafrost. Dette prosjektet utviklet nye DNA barcoding-markører som var korte nok til å gi en mer presis fremstilling av forvitret DNA for flere organismegrupper (moser, sopp, insekter, spretthaler, vertebrater). Disse markørene ble sekvensert i moderne DNA for å konstruere taksonomiske referansedatabaser for viktige økologiske arter, og deretter ble de brukt til artsbestemmelse ved å pyrosekvensere DNA-miljøer fra foreldete permafrostkjerner (som ble gjort tilgjengelige gjennom EU-prosjektet ECOCHANGE).
Prosjektgruppen bestod av to postdoktorer finansiert av forskningsrådet og en PhD-student finansiert av Naturhistorisk museum ved Universitetet i Oslo, samt ledende nasjonale og internasjonale eksperter på gammelt DNA, DNA barcoding, bioinformatikk og diverse taksonomiske grupper. Forskningsgruppen var nært knyttet til den internasjonale ECOCHANGE-gruppen for å sikre umiddelbar tilgang på den nyeste utviklingen innen pyrosekvensering og bioinformatikk.  

Ønskes tilgang til selve datasettet kan dette bestilles via NSDs bestillingsskjema:  

http://www.nsd.uib.no/bestilledata/survey/

Teitl Llawn

Rekonstruksjon av tidligere økosystemer gjennom barcoding DNA bevart i permafrost, 2014

Rhif Adnabod

NSD2260

Endid Awdurdodol

Enw Tadogaeth
Brochmann, Christian Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo

Cynhyrchydd

Enw Tadogaeth Talfyriad Swyddogaeth
Brochmann, Christian Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo UiO Prosjektleder

Hawlfraint

Copyright (C) 2014 Christian Brochman, Naturhistorisk museum, UiO

Asiantaeth/Noddwr Ariannu

Enw Talfyriad Swyddogaeth Grant
Norges forskningsråd NFR 191627

Dosbarthydd Data

Enw Tadogaeth Talfyriad
Norsk samfunnsvitenskapelig datatjeneste AS NSD

Fersiwn

Dyddiad: 2015-12-03

Nodiadau

Originaldata fra Christian Brochman, Naturhistorisk museum, UiO er dokumentert og tilrettelagt, første NSD-versjon.

Dyfyniad Llyfryddiaethol

"Rekonstruksjon av tidligere økosystemer gjennom barcoding DNA bevart i permafrost, 2014". Data samlet av Christian Brochman ,Naturhistorisk museum, UiO. Første NSD-utgave, Bergen 2015.

Rhestr allweddeiriau

Dosbarthiad Testun

Cyfnod Amser wedi’i gyfro

Dechrau Diwedd Cylchdro
2009 2014

Dyddiad Casgliad

Dechrau Diwedd Cylchdro
2009 2014

Gwlad

Norge  (NO)

Uned Dadansoddiad

Annet

Cyfanfyd

DNA-testet materiale funnet i permafrost

Math o Ddata

Annet

Dull Amser

Tverrsnittstudie

Casglwr Data

Brochmann, Christian, Naturhistorisk museum, Universitetet i Oslo  (UiO)

Dull Samplu

DNA-testet materiale funnet i permafrost

Modd Casgliad Data

Annet

Lleoliad

Chyhoeddiadau Perthnasol

Blocking Human Contaminant DNA During PCR Allows Amplification of Rare Mammal Species From Sedimentary Ancient DNA

Boessenkool, S. et al. (2012) Blocking human contaminant DNA during PCR allows amplification of rare mammal species from sedimentary ancient DNA. Molecular Ecology 21: 1806–1815.  

Data published in the DRYAD Digital Repository at doi:10.5061/dryad.t33v4k14.

Use of Ancient Sedimentary DNA as a Novel Conservation Tool for High-Altitude Tropical Biodiversity

Boessenkool, S. et al. (2014)Use of Ancient Sedimentary DNA as a Novel Conservation Tool for High-Altitude Tropical Biodiversity. Conservation Biology, 2014 Apr;28(2):446-55.  

DOI: 10.1111/cobi.12195.

New environmental metabarcodes for analysing soil DNA: potential forstudying past and present ecosystems

Epp, L. S. et al. (2012) New environmental metabarcodes for analysing soil DNA: potential for studying past and present ecosystems. Molecular Ecology 21: 1821–1833.  

Data published in the DRYAD Digital Repository at doi:10.5061/dryad.37s6bb42.

A Comparative Study of Ancient Sedimentary DNA, Pollen and Macrofossils From Permafrost Sediments of Northern Siberia Reveals Long-Term Vegetational Stability

Jørgensen, T. et al. (2012)A Comparative Study of Ancient Sedimentary DNA, Pollen and Macrofossils From Permafrost Sediments of Northern Siberia Reveals Long-Term Vegetational Stability. Molecular Ecology 21: 1989–2003.  

Data published in the DRYAD Digital Repository at doi:10.5061/dryad.09p3k.

Islands in the Ice: Detecting Past Vegetation on Greenlandic Nunataks Using Historical Records and Sedimentary Ancient DNA Meta-Barcoding

Jørgensen, T. et al. (2012) Islands in the Ice: Detecting Past Vegetation on Greenlandic Nunataks Using Historical Records and Sedimentary Ancient DNA Meta-Barcoding. Molecular Ecology 21: 1980–1988.  

Data published in the DRYAD Digital Repository at doi:10.5061/dryad.1dv51.

Glacial Survival of Boreal Trees in Northern Scandinavia

Parducci, L. et al. (2012) Glacial Survival of Boreal Trees in Northern Scandinavia. Science 335: 1083-1086.  

Data published: At the European Nucleotide Archive, study accession no. ERP001153 (trnL sequences). At the European Molecular Biology Laboratory database, accession no. HE652882-HE653002 (mtDNA sequences).

Shedding New Light on the Diet of Norwegian Lemmings: DNA Metabarcoding of Stomach Content

Soininen, E. M. et al. (2013) Shedding New Light on the Diet of Norwegian Lemmings: DNA Metabarcoding of Stomach Content. Polar Biology 36: 1069–1076. doi:10.1007/s00300-013-1328-2.

Data published: Database sequences submitted to the EMBL Database (accession numbers embl:HE993553-ebml:HE993683).

Fifty Thousand Years of Arctic Vegetation and Megafaunal Diet

Willerslev, E. et al. (2014) Fifty Thousand Years of Arctic Vegetation and Megafaunal Diet. Nature 506: 47-51 (article).  

Data published in the DRYAD Digital Repository at doi.org/10.5061/dryad.ph8s5.

DNA From Soil Mirrors Plant Taxonomic and Growth form Diversity

Yoccoz, N. G. et al. (2012) DNA From Soil Mirrors Plant Taxonomic and Growth form Diversity. Molecular Ecology 21 : 3647-3655 (with Perspective, Mol. Ecol. 21: 3637-3639).  

Data published in the DRYAD Digital Repository at doi:10.5061/dryad.m346b576. The sequence accession nos are given in Tables S1 and S2 available in this DRYAD entry.

index_leftcolumn_headline

index_leftcolumn_text