Set ddata: Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015

Crynodeb

I den eukaryote cellekjernen blir genomet organisert i kromatindomener med forskjellige fysiske, biokjemiske og funksjonelle egenskaper som påvirker genekspresjon og utviklingsmessige beslutninger. Disse domenene kan skilles fra hverandre ved å se på deres anriking i kombinasjoner av post-translasjonelle modifiserte histoner og varianter av kanoniske histoner. Mens distribusjon og betydningen av epigenetiske histonmodifikasjoner har blitt omfattende undersøkt siden oppdagelsen for noen år siden av histonkode 10, vet man lite om betydningen av histonvarianter. Likevel, viser en nylig oppgang i publikasjoner en sterk interesse for å belyse rollen til disse variantene. Blant disse, inkorporeres H3 variant H3.3 primært (men ikke utelukkende) til transkripsjon-aktiv kromatin på en reproduksjonsuavhengig måte. Måten H3.3 innsettes i kromatin, dets posisjonering i genomet og dets krav om vertebrat utvikling er fremdeles vanskelig å definere. Vi har nylig rapportert det epigenetiske miljøet til H3.3 i menneskelige promotorer og hentet ut foreløpig data om dets deponeringsbane. Her kombinerer vi ekspertise i mesenchymal stamcellebiologi, avbildning, epigenetikk og celledifferensiering sammen med avansert høy gjennomstrømming sekvensering og massespektrometriteknologi for å ta fatt på den biologiske meningen med insettingen av H3.3 i genomet i en celledifferensiering-kontekst. Vårt mål er å beskrive i detalj de molekylære mekanismene i inkorporeringen av H3.3 i kromatin og å få et hint om dets funksjon i celledifferensieringen. Objektiv 1 forsøker å sørge for full genomdekning av H3.3 sine anrikingsteder i menneskelige primære stamceller og differensierte celler. Objektiv 2 forsøker å belyse de mekaniske detaljene av H3.3 insettelsen i kromatin ved å beskrive H3.3 sine transittsteder som vi nylig har dokumentert. Dette prosjektet er en del av FRIMEDBIO-programmet.  

Ønskes tilgang til selve datasettet kan dette bestilles via NSDs bestillingsskjema:  

http://www.nsd.uib.no/bestilledata/survey/

Teitl Llawn

Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015

Rhif Adnabod

NSD2277

Endid Awdurdodol

Enw Tadogaeth
Collas, Philippe Institutt for geofag, Universitetet i Oslo

Cynhyrchydd

Enw Tadogaeth Talfyriad Swyddogaeth
Collas, Philippe Institutt for geofag, Universitetet i Oslo UiO Prosjektleder

Hawlfraint

Copyright (C) 2015 Philippe Collas, Institutt for geofag, UiO

Asiantaeth/Noddwr Ariannu

Enw Talfyriad Swyddogaeth Grant
Norges forskningsråd NFR 213795

Dosbarthydd Data

Enw Tadogaeth Talfyriad
NSD - Norsk senter for forskningsdata AS NSD

Fersiwn

Dyddiad: 2016-01-18

Nodiadau

Originaldata fra Philippe Collas, Institutt for geofag, Universitetet i Oslo er dokumentert og tilrettelagt, første NSD-versjon.

Dyfyniad Llyfryddiaethol

"Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015". Data samlet av Philippe Collas, Institutt for geofag, Universitetet i Oslo. Første NSD-utgave, Bergen 2016.

Rhestr allweddeiriau

Dosbarthiad Testun

Cyfnod Amser wedi’i gyfro

Dechrau Diwedd Cylchdro
2012-07-01 2015-08-31

Dyddiad Casgliad

Dechrau Diwedd Cylchdro
2012-09-01 2015-08-01

Gwlad

Norge  (NO)

Cwmpas Daearyddol

Land

Uned Dadansoddiad

Annet

Math o Ddata

Annet

Dull Amser

Tverrsnittstudie

Casglwr Data

Collas, Philippe, Insititutt for geofag, Universitetet i Oslo  (UiO)

Dull Samplu

Utvalg brutto: -1
Utvalg netto: 4

Modd Casgliad Data

Annet

Lleoliad

Statws Argaeledd

NSD kan i samråd med prosjektleder stille data fra "Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015" til disposisjon ved bestilling til 21.12.2018. Etter denne datoen kan NSD stille data fra "Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015" til disposisjon for forskningsformål (inkludert phd og masteroppgaver) ved bestilling.

Ehangder y Casgliad

25 datafil(er); ulike format kan leveres.

Cyfyngiadau

NSD kan i samråd med prosjektleder stille data fra "Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015" til disposisjon ved bestilling til 21.12.2018. Etter denne datoen kan NSD stille data fra "Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015" til disposisjon for forskningsformål (inkludert phd og masteroppgaver) ved bestilling.

Angen Dyfyniad

Bruker plikter å referere til produsent og distributør av dataene ved å skrive følgende i forord eller fotnote i eventuelle publikasjoner:
"(En del av) De data som er benyttet her er hentet fra "Biologisk betydning av histonvariant H3.3, 2015". Data er innsamlet av Philippe Collas, Institutt for geofag, Universitetet i Oslo. Undersøkelsen er finansiert av Norges forskningsråd. Data er tilrettelagt og stilt til disposisjon i anonymisert form av NSD - Norsk senter for forskningsdata AS. Verken Philippe Collas, Institutt for geofag, Universitetet i Oslo, Norges forskningsråd eller NSD er ansvarlig for analysen av dataene eller de tolkninger som er gjort her."

Angen Dyddodyn

For å sikre best mulig informasjon om bruken av data fra de forskjellige undersøkelsene, blir tilgang til data gitt under forutsetning av at NSD får tilsendt en PDF-fil av eventuelle rapporter som utarbeides på grunnlag av dataene.

Amodau

Bestillingsskjema skal inneholde navn, institusjonstilknytning, prosjekttittel, opplysninger om finansieringskilder og postadresse. Før ev utlevering av data må taushetserklæring undertegnes.

Gwadiad

Verken Philippe Collas, Institutt for geofag, Universitetet i Oslo, Norges forskningsråd eller NSD er ansvarlig for analysen av dataene eller de tolkninger som er gjort her.

index_leftcolumn_headline

index_leftcolumn_text